כוכבי המדבר פועלים לפיתוח דור חדש של מנהיגות בדואית צעירה, שתשנה את המציאות בקהילה הבדואית ובמרחב הנגב. הארגון פועל ומחבר בני נוער, צעירים וצעירות, הבאים מיישובים ושבטים שונים ליצירת קבוצת מנהיגות מלוכדת,שיחד תוביל תהליכים של שינוי.